Forstjóri hefur á hendi yfirstjórn stofnunarinnar og ber m.a. ábyrgð á fjárhagslegum og faglegum rekstri hennar, eignum, skipulagi, gæðastjórnun, starfsmannamálum og alþjóðlegu samstarfi. Forstjóri Útlendingastofnunar er Kristín Völundardóttir.
Í fjarveru forstjóra ber staðgengill forstjóra ábyrgð á starfseminni. Staðgengill forstjóra er Vera Dögg Guðmundsdóttir.